铅云压境的海面上，星盘残片持续发出灼热的光芒，指引着帆船驶向那片被称为“终之海沟”的禁区。深海传来的低频震动令船身震颤，小光的波克基斯突然惊恐地鸣叫——海面下，无数暗金色孢子正如同黑雾般汇聚，在水下勾勒出巨大的漩涡。
“能量读数突破临界值！”瑟蕾娜的检测仪发出刺耳警报，屏幕上的波形图扭曲成诡异的螺旋。突然，漩涡中心炸开紫色闪电，一只背生骨刺的远古巨鲸破水而出，它的皮肤布满孢子形成的纹路，空洞的眼窝中闪烁着熵的标记。“是被污染的吼鲸王！”小刚话音未落，巨鲸己喷出腐蚀性墨汁，将甲板腐蚀出焦黑的孔洞。
林渊挥动创世之剑劈开墨汁，剑锋与孢子接触时迸发出金色火花。小智的皮卡丘趁机释放十万伏特，却被吼鲸王甩动的尾鳍掀起的巨浪吞噬。关键时刻，美咲怀中的风铃铃王突然化作流光，翅膀上的铃铛迸发出七彩音波，竟让海水凝结成镜面，将皮卡丘弹回安全区域。
“这些孢子在模仿宝可梦的力量！”小茂的尼多力诺用超能力感知到海底异动，“熵正在用阿尔宙斯石板改写深渊的法则！”随着吼鲸王沉入海底，整片海域的水温骤降，冰晶在孢子表面凝结成诡异的符文。瑟蕾娜调出星盘投影，发现终之海沟的轮廓竟与阿尔宙斯石板的纹路完全重合——这里是远古时期封印混沌之源的牢笼。
当帆船靠近海沟边缘，一道暗金色屏障突然升起，将众人困在半透明的能量茧中。熵的声音从西面八方传来：“观测者，你们以为琉璃珊瑚的净化之力能对抗本源混沌？”虚空中浮现出他手持完整石板的身影，背后悬浮着由孢子组成的巨大瞳孔，“三百年前，正是我将混沌海蛇投入海沟，如今，它将成为打开创世核心的钥匙。”
话音未落，海沟深处传来撼动天地的咆哮。一只遮天蔽日的古生物缓缓上浮，暗金色的鳞片覆盖着扭曲的肢体，它额间镶嵌的黑色晶体与阿尔宙斯石板产生共鸣，掀起的巨浪将帆船掀翻。林渊在坠落瞬间激活创世之剑的防护罩，却发现剑刃在接触混沌之源的刹那，竟开始出现细微的裂痕。
“它的力量在瓦解创世之力！”瑟蕾娜抓住漂浮的珊瑚碎片，碎片在混沌能量中迅速变黑。小智和皮卡丘借着盖欧卡残留的水流冲击跃起，试图用伏特攻击命中混沌之源的晶体，却被它甩出的孢子触须缠住。千钧一发之际，盖欧卡的虚影突然从海沟深处浮现，蓝色的根源波动与孢子展开激烈碰撞。
“原来盖欧卡一首在守护封印！”林渊握紧琉璃鳞片，鳞片与星盘残片共鸣，在海底投射出古老祭坛的影像。祭坛中央，一颗散发柔和白光的水晶静静悬浮——那正是传说中的创世之核。但混沌之源察觉威胁，用孢子形成锁链缠住盖欧卡，将其拖向深渊。
“必须阻止熵！”林渊带领众人突破孢子屏障，朝着创世之核的方向游去。深海的压力与混沌能量不断侵蚀着宝可梦们的体力，小茂的尼多力诺耗尽超能力，用最后一丝力量开辟出通道。当他们接近祭坛时，熵己经将阿尔宙斯石板插入创世之核，水晶表面开始蔓延暗金色裂纹。
“你们来晚了。”熵的笑声混着孢子渗入防护罩，“当混沌与创世融合，这个世界将回归最纯粹的虚无。”创世之核轰然炸裂，黑白能量交织成旋涡，混沌之源的嘶吼与阿尔宙斯的虚影同时响彻深渊。林渊看着手中碎裂的琉璃鳞片，突然想起星盘残片的预言——平衡并非毁灭与创造的对立，而是……
“风铃铃王！将所有宝可梦的力量注入鳞片！”林渊将碎裂的琉璃鳞片抛向空中，美咲会意，指挥风铃铃王释放出凝聚众人意志的净化音波。鳞片在光芒中重组，化作一枚闪烁着七彩光芒的钥匙，首插创世之核的核心。
刹那间，混沌与创世的能量停止冲突，在钥匙周围形成完美的平衡。熵的身影在光芒中剧烈颤抖：“不可能！这违背了……”他的话被盖欧卡的怒号淹没，彻底消散在纯净的自然之力中。而混沌之源的晶体，也在光芒中显露出原本的翡翠色——它竟是创世之核的封印装置。
当光芒散尽，终之海沟恢复平静。林渊将创世之核嵌入星盘残片，石板上浮现出新的预言：“当观测者集齐七片琉璃之证，真正的平衡将降临世间。”远处，盖欧卡的身影在海平线若隐若现，它的背鳍亮起七道光芒，仿佛在指引下一段旅程的方向。