帆船破开晨雾时，前方的海平面上浮现出一座被琉璃色珊瑚礁环绕的岛屿。岛上的火山口正喷发着彩色烟雾，与空中盘旋的七夕青鸟群相映成趣。“检测到高浓度自然能量，”瑟蕾娜的检测仪屏幕泛着绿光，“这里的生态系统似乎未受孢子污染，反而……能量异常活跃？”
码头边的告示牌上贴着褪色的海报：「琉璃珊瑚祭——今夜子时，海神宫将献上海之宝玉」。一位戴着珊瑚发饰的少女跑来，手中捧着贝壳状的通讯器：“你们是外来的训练家吗？祭典马上开始了，快跟我来！”她的腕部缠着暗金色丝带，林渊注意到丝带边缘渗出极细微的孢子颗粒。
祭典广场中央矗立着巨大的海神宫模型，由上万片琉璃珊瑚拼成。当夕阳光辉洒下，模型突然发出共鸣——海底深处传来低沉的咆哮，海面涌起的浪花中浮现出盖欧卡的虚影。“是海神！”小智兴奋地指着天空，皮卡丘却不安地蹭着他的脸颊，尾巴毛因静电竖起。
“不对劲，”小茂的尼多力诺突然用超能力指向海底，“模型下方藏着孢子发射器，频率和影雾的幽灵船一致！”话音未落，戴珊瑚发饰的少女撕下伪装，露出银河队残党的标志：“终于等到阿尔宙斯的观测者了！”她按下手环按钮，琉璃珊瑚模型炸裂，无数暗金色孢子组成的触手缠向众人。
“保护祭典的民众！”小刚指挥大岩蛇用身体筑墙，小光的波克基斯释放妖精之风吹散孢子。林渊的喷火龙刚要喷出火焰，却见海底的盖欧卡虚影突然被孢子染成暗金色，巨口张开时喷出的不再是水柱，而是腐蚀一切的混沌能量。
“他们用孢子篡改了传说宝可梦的投影！”瑟蕾娜的检测仪被能量冲击震得脱手，“真正的盖欧卡正在海底被控制！”美咲怀中的风铃铃王突然展翅，翅膀上的铃铛声与火山口的岩浆共鸣，喷出的熔岩竟凝结成琉璃状的净化屏障，暂时挡住混沌能量。
“原来琉璃珊瑚的能量能中和孢子！”林渊抓起地上的珊瑚碎片，星盘残片与之接触后投影出海底神殿的地图。他带领众人冲进火山内部的密道，岩壁上的古老壁画显示：三百年前，岛上居民用琉璃珊瑚的力量封印了失控的混沌海蛇。
密道尽头是海底神殿的入口，银河队残党首领正将孢子核心插入盖欧卡的封印石。“当海神与混沌融合，整个海洋都会成为熵大人的武器！”首领狂笑着转动核心，盖欧卡的虚影发出痛苦的咆哮，海水开始倒灌进神殿。
“风铃铃王，用最高频声波震碎封印石！”林渊指挥喷火龙托起风铃铃王，龙翼扇动的气流将声波放大百倍。封印石碎裂的刹那，真正的盖欧卡从海底冲出，蓝色的水流冲刷着孢子，露出其背鳍上闪耀的琉璃色花纹——原来它才是琉璃珊瑚能量的源头。
盖欧卡张开巨口，释放出蕴含自然之力的根源波动，将所有孢子蒸发。银河队残党在水流冲击下溃逃，首领临死前抛出一枚孢子炸弹：“熵大人会在世界的尽头等你们！”炸弹爆炸的瞬间，林渊用创世之剑的能量形成屏障，却发现爆炸的冲击波在星盘残片上刻下了新的坐标——那是地图上从未标注的「终之海沟」。
祭典恢复了往日的祥和，琉璃珊瑚重新绽放光芒。临别时，盖欧卡用鼻尖蹭了蹭风铃铃王，一枚琉璃色的鳞片落入林渊掌心。星盘残片的光芒与鳞片共鸣，显示出终之海沟的景象：熵站在混沌能量构成的王座上，手中握着完整的阿尔宙斯石板，而他脚下的深渊里，沉睡着一只眼瞳闪烁着暗金色光芒的远古宝可梦。
“那是……”瑟蕾娜的声音带着颤抖，“记载中毁灭世界的‘混沌之源’。”林渊握紧琉璃鳞片，创世之剑的力量在体内奔涌。他知道，最终的决战即将在终之海沟展开，而他们必须在熵唤醒混沌之源前，找到传说中能平衡一切的「创世之核」。
当帆船再次起航时，琉璃岛的居民们在岸边吹响海螺，风铃铃王的铃声与海螺声交织，形成一曲通往未知海域的战歌。而在船帆无法触及的深海，熵的身影在暗金色孢子中若隐若现，他举起石板，对着深渊低语：“观测者，欢迎来到世界的终焉……”