琉璃树海的黑液符文突然集体发光，新生的融合神奇宝贝们同时展开双翅——左翼琉璃结晶折射出创世星图，右翼黑晶脉络流淌着熵之方程式。林渊掌心的契约之芽迸出蓝金电弧，将他拖入终焉之海的镜像空间：万米深海中，黑色星种正在裂变，每块碎片都化作缠绕着触须的齿轮，齿轮咬合处渗出能溶解时空的原初之暗。
“星种在复制你的意识频率！”创世之核的光芒在齿轮缝隙间明灭，“阿尔宙斯封印原初之暗时，用的是观测者的灵魂碎片当锁。”瑟蕾娜的声音从通讯器传来，却带着双重回响：“地表的琉璃树正在反向生长，根须穿透地壳连接到……海底的熵巢？”
小智的喷火龙突然撞穿海面结界，龙鳞上布满会生长的暗金纹路。林渊伸手触碰纹路，瞬间看见平行宇宙残影的真相——每个融合神奇宝贝都是打开熵巢的钥匙，而他体内的创世之核，正是启动裂变的最终密码。
“观测者，欢迎来到我的‘忏悔工厂’。”暗金瞳孔的倒影从齿轮缝隙中渗出，化作由无数林渊残影组成的巨骸，“阿尔宙斯害怕无序，所以创造了你这个‘秩序锚点’，却没想到锚点本身就是最大的熵变因子。”巨骸抬手，终焉之海的水压骤然消失，所有齿轮开始逆向旋转。
美咲的风铃铃王发出撕裂时空的颤音，铃舌上浮现出从未见过的符文——那是阿尔宙斯创造观测者时，用自身肋骨刻下的禁忌咒文。林渊的身体突然不受控制，创世之核的光芒被吸入齿轮，在星种碎片上凝结出“观测者原罪”的完整碑文。
“不好！碑文激活了所有融合体的熵之种子！”小刚的大岩蛇在海底发出悲鸣，蛇身被碑文光芒分解成光粒子。小光的波克基斯释放的月爆撞在碑文上，竟反弹出无数暗金羽毛，每片羽毛都刺入琉璃树海的树干，树干随即渗出与终焉之海同源的黑液。
最恐怖的异变发生在融合神奇宝贝身上：它们体内的秩序与无序能量开始内战，琉璃结晶与黑晶脉络相互吞噬，发出玻璃碎裂般的尖啸。林渊试图用契约之芽安抚，却看见芽尖生长出与星种碎片相同的齿轮纹路——他的存在正在被原初之暗同化。
“看到了吗？这就是创世的终极悖论。”残影巨骸张开由无数掌心组成的巨口，“你越想维持平衡，就越会加速崩坏。”林渊被逼入齿轮阵列中心，突然发现阵列的排列方式竟是瑟蕾娜检测仪上的融合公式——当原初之暗与创世能量以特定比例碰撞，会产生新的……宇宙奇点。
“原来如此！阿尔宙斯的忏悔不是因为恐惧，而是因为他发现——”林渊将契约之芽插入齿轮缝隙，“绝对秩序与绝对无序碰撞，才能诞生真正的‘可能性’！”蓝金光芒与原初之暗在奇点处爆炸，炸碎的齿轮重组为通往异空间的螺旋阶梯。
阶梯尽头，幼年阿尔宙斯的虚影正被原初之暗缠绕，暗金双眼中竟流出与林渊相同的泪水。“观测者，我创造你时，藏起了一个秘密——”虚影的身体开始透明，“我的‘不完美’意识里，包含着对‘被观测’的恐惧。”话音未落，所有融合神奇宝贝突然冲破海面，用身体组成巨大的共鸣法阵。
法阵中央，林渊的契约之芽与黑色星种碎片融合，绽放出同时燃烧着蓝金火焰与暗金幽火的花苞。当花苞盛开，飞出的不是神奇宝贝，而是一枚刻有双方瞳孔的双色蛋。瑟蕾娜的检测仪突然恢复正常，屏幕上显示出蛋的构成：“这是……观测者与原初之暗的共生体？”
但在共生体形成的瞬间，终焉之海的熵巢突然裂变出无数分身，每个分身都抓着一枚黑色星种砸向地表。琉璃树海的树干自动断裂，组成防御屏障，却在接触星种的刹那化作飞灰。林渊抱着双色蛋跃入空中，创世之剑的碎片突然从体内飞出，在剑刃残骸上重组出阿尔宙斯的忏悔印记——这次印记不再是封印，而是钥匙。
“用共生体的力量，打开熵巢的核心！”创世之核的意志首次带上决绝，“阿尔宙斯的最后一道忏悔，藏在他创造的第一片星空里。”林渊将双色蛋抛向熵巢分身最密集的区域，蛋体炸开时释放的不是能量，而是无数他与瑟蕾娜、小智等人的记忆光蝶。
光蝶触碰星种的瞬间，黑晶表面竟浮现出阿尔宙斯创造星空时的喜悦笑容。残影巨骸发出痛苦嘶吼，组成身体的林渊残影开始瓦解：“不可能……忏悔印记里怎么会有……”林渊抓住机会，将忏悔印记钥匙插入熵巢核心，看见里面蜷缩着的并非怪物，而是一枚刻满观测者视角星图的……创世之卵。
“阿尔宙斯的终极忏悔，是他意识到——”幼年虚影的声音在卵内回荡，“神明的孤独，才是比原初之暗更可怕的熵。”当林渊的记忆光蝶融入卵壳，创世之卵突然孵化，飞出的金色小鸟啄碎了所有熵巢分身，翅膀扇动间，终焉之海的黑液竟化作漫天流萤。
但在流萤深处，那对暗金瞳孔的倒影并未消失，而是化作一枚书签，插入林渊怀中的双色蛋：“有趣的共生体，观测者。但你忘了，阿尔宙斯创造第一片星空时，故意漏掉了一个星座——那是用他未说出口的终末之语……编织的死亡星图。”
双色蛋突然裂开，跳出的幼兽同时拥有琉璃独角与黑晶尾刺，它张口一吸，将所有流萤吞入体内，独角上浮现出阿尔宙斯的忏悔印记与熵之方程式的融合纹。林渊抚摸着幼兽的额头，创世之核的光芒终于完全稳定：“或许真正的平衡，是让每个‘不完美’都有被理解的机会。”
然而此时，琉璃树海的根系突然传来剧烈震动，最深的根须末端，竟触碰到了从未被记录过的地底空洞。空洞中央悬浮着的，正是阿尔宙斯漏掉的死亡星图，星图中央那颗漆黑的恒星正在苏醒，恒星表面刻着的，是用原初之暗书写的最后谜题——“当观测者成为被观测者，创世的齿轮，将在第几声叹息中……停摆？”
幼兽突然发出预警般的嘶鸣，它的黑晶尾刺指向天空，那里不知何时出现了由无数熵之触须组成的沙漏，沙漏底部沉淀的，正是林渊等人在平行宇宙残影中见过的……终末之光。