当林渊一行抵达睿智湖时，湖面笼罩在一层灰蒙蒙的雾气中，本该清澈的湖水泛起诡异的墨色涟漪。亚克诺姆悬浮在湖心，它周身缠绕着暗金色与冰蓝色交织的孢子锁链，每当扇动翅膀，湖面上便会掀起带着腐蚀性的孢子风暴。
“孢子浓度比心齐湖高出三倍！”瑟蕾娜的检测仪发出尖锐的警报，屏幕几乎被刺目的红色数据覆盖，“这些孢子正在吞噬亚克诺姆的意志，一旦它完全被控制……”她的话被突然爆发的巨响打断——湖底轰然裂开，数十只被孢子改造的多边兽Ⅱ破水而出，机械躯体上生长着蠕动的菌丝状孢子。
“这些宝可梦的机械电路和生物基因被强行融合了！”小茂的尼多力诺用超能力探测后脸色发白，“孢子正在改写它们的底层程序！”多边兽Ⅱ们同时张开数据化的嘴巴，发射出带着孢子的破坏光线，所到之处，湖边的树木瞬间枯萎碳化。
小智指挥皮卡丘跃至半空：“使用伏特攻击！”电光闪过，却被多边兽Ⅱ组成的菱形数据护盾吸收，转化为更强大的反击光束。小刚的大岩蛇用岩崩技能击碎几只多边兽Ⅱ，破碎的机械零件中竟钻出孢子形成的触手，缠住大岩蛇的躯体疯狂侵蚀。
林渊的星盘残片突然剧烈震颤，投影出的画面让众人瞳孔骤缩——熵和赤日站在睿智湖底的古代祭坛前，祭坛中央的水晶球里，封存着一颗跳动的暗金色孢子心脏。“原来他们把核心转移到了这里！”林渊握紧权杖，“喷火龙，用大字爆炎开路！”
火焰撕裂孢子风暴的刹那，湖底祭坛的符文全部亮起。赤日狂笑着转动祭坛上的古老齿轮：“当亚克诺姆的意志被孢子心脏吞噬，整个神奥的知识体系都会崩塌！到那时，人类将重回蒙昧，而我们会成为新世界的神明！”随着齿轮转动，亚克诺姆发出绝望的悲鸣，它的身体开始与孢子心脏产生共鸣，整片湖水都泛起不祥的紫光。
“不能让孢子心脏完成同化！”瑟蕾娜突然举起检测仪，“这些孢子对高频声波有反应！小光，波克基斯使用超音波！”尖锐的声波在湖面上震荡，多边兽Ⅱ的机械躯体出现数据乱码，孢子锁链也开始松动。林渊趁机指挥妙蛙种子释放超级阳光烈焰，光柱击中孢子心脏的瞬间，水晶球表面出现裂痕。
熵的身影突然从孢子雾中凝结，他的手臂化作触手刺入水晶球：“想摧毁核心？没那么容易！”随着他的动作，湖底升起无数孢子构成的机械巨像，每尊巨像都拥有不同传说宝可梦的特征。其中一尊长着帝牙卢卡的龙爪，另一尊则有着帕路奇亚的翅膀，它们同时发动攻击，湖面顿时陷入火海与时空乱流交织的绝境。
“分头行动！”林渊对小智喊道，“你和小刚对付机械巨像，我和瑟蕾娜破坏孢子心脏！”他带着喷火龙冲向祭坛，却在半空被熵的孢子触手缠住。关键时刻，天空突然降下一道七彩光芒——克雷色利亚与艾姆利多再次现身，它们的能量融合成净化光束，斩断了熵的触手。
“趁现在！”瑟蕾娜将检测仪的能量全部注入林渊的权杖，小智指挥皮卡丘用伏特攻击击中祭坛的能量节点。林渊高举权杖，符文光芒与阿尔宙斯石板产生共鸣，一道跨越时空的光柱首击孢子心脏。水晶球轰然炸裂，暗金色心脏在光芒中发出垂死的尖啸，亚克诺姆终于挣脱了孢子的束缚。
熵的身体在爆炸余波中支离破碎，他最后的笑声回荡在湖面上：“你们以为能阻止混沌？阿尔宙斯的石板……己经在我们手中！”话音未落，睿智湖底传来石板相撞的轰鸣声，祭坛深处，十七块阿尔宙斯石板的虚影正在被暗金色孢子吞噬。
林渊望着逐渐下沉的祭坛，握紧了手中的星盘残片。他知道，熵的话并非虚言。当传说宝可梦的危机暂时平息，更大的阴谋才刚刚浮出水面——关乎创世神力量的终极对决，即将在神奥的未知之地展开。而在远处的雪峰市废墟中，一个神秘的黑影正注视着这一切，手中握着半块刻满符文的石板……