实验室的硝烟尚未散尽，地面突然传来剧烈震动。林渊怀中的星盘残片与黑色立方体同时发出刺耳的蜂鸣，全息投影在空气中交织成扭曲的警示符号——熵的暗金色孢子大军正在进行第二轮包围。透过破碎的天花板，数十只被控制的飞天螳螂如黑色利刃般划破天空，它们翅膀边缘流淌着液态暗金，所过之处连空气都泛起涟漪。
“快走！从通风管道突围！”瑟蕾娜扯下实验服下摆缠住手臂伤口，带领众人冲向墙角的金属管道。皮卡丘抢先钻入管道，用电击熔断生锈的栅栏，喷火龙则用翅膀护住后方，防止飞天螳螂的镰刀切入。林渊殿后，时刻警惕着周围环境，星盘残片的光芒照亮了管道内若隐若现的孢子菌丝。
当众人爬出管道时，却发现自己陷入了更棘手的困境。乐园的中央广场上，一只被孢子完全异化的超甲狂犀正在疯狂破坏，它的独角分裂成三根暗金色巨柱，每一次撞击地面都会引发小型地震。更糟糕的是，超甲狂犀身后跟着由电击魔兽、黑鲁加组成的“混沌军团”，这些宝可梦的皮肤下血管暴起，流淌着暗金色的诡异液体。
“喷火龙，使用龙爪牵制超甲狂犀！皮卡丘，十万伏特打散军团阵型！”林渊话音未落，超甲狂犀突然仰天怒吼，三根独角同时发射出激光束。喷火龙敏捷地侧身避开，翅膀带起的强风却意外触发了孢子菌丝的连锁反应——整片草坪瞬间被暗金色藤蔓覆盖，藤蔓顶端绽放的花苞中，竟伸出无数细小的孢子触手。
小智的皮卡丘在电流与藤蔓的夹缝中跳跃，突然被一条暗金色触手缠住脚踝。林渊眼疾手快，指挥妙蛙种子用藤鞭将皮卡丘拽回：“这些孢子会吸收电气能量！改用物理攻击！”妙蛙种子进化后的藤鞭变得更加强韧，轻易斩断触手，但被切断的部分落地后又迅速生长成新的个体。
战斗陷入胶着时，瑟蕾娜突然指向广场喷泉：“那里！乐园的应急能源核心！如果能启动过载程序，或许能产生电磁脉冲！”林渊立刻会意，让灯笼鱼用水枪开路，自己则冲向喷泉控制室。然而，控制室的电子锁被暗金色数据流覆盖，普通攻击毫无作用。
“让我来！”小茂带着尼多力诺赶到，尼多力诺使用超能力侵入系统，显示屏上的暗金色代码与尼多力诺的念力产生剧烈碰撞。林渊趁机将黑色立方体插入控制台缝隙，立方体表面的符文亮起，与星盘残片产生共振。当能量核心开始过载时，超甲狂犀似乎察觉到威胁，不顾一切地撞向喷泉。
“喷火龙，用火焰漩涡拖延它！”林渊大喊。喷火龙的火焰与超甲狂犀的撞击波相撞，产生的气浪掀飞了周围的孢子藤蔓。就在能源核心即将爆炸的瞬间，众人躲进附近的防暴掩体。强烈的电磁脉冲如潮水般扩散，被孢子控制的宝可梦纷纷僵首倒地，暗金色藤蔓也在脉冲中化作飞灰。
然而，危机并未真正解除。当众人在废墟中喘息时，天空突然降下暗金色的雨幕。熵的身影在雨帘中若隐若现，他手中的黑色立方体己经拼接成完整的球体，球体表面流转的纹路与幻梦星域的黑曜石方尖碑如出一辙。“你们以为能阻止观测法则的轮回？”熵的声音带着机械混响，“宝可梦世界不过是新棋盘上的一枚棋子。”
话音未落，球体爆发出吞噬光线，将整片广场笼罩其中。千钧一发之际，星盘残片与瑟蕾娜提供的黑色立方体碎片产生共鸣，在众人周围形成防护罩。但防护罩在吞噬光线的侵蚀下，正以肉眼可见的速度变薄。林渊突然想起在实验室看到的宝可梦记忆——乐园深处的地下遗迹，或许藏着对抗孢子的关键。
“往遗迹方向撤退！”林渊指挥宝可梦们组成防御阵型。喷火龙驮着众人腾空而起，却遭到飞天螳螂群的追击。这些异化的宝可梦在暗金色雨中获得强化，镰刀挥出的轨迹竟能撕裂空间。林渊让灯笼鱼释放闪光干扰视野，妙蛙种子则用毒粉制造烟雾屏障，在混乱中终于找到遗迹入口。
当他们踏入遗迹的瞬间，身后的入口被暗金色物质彻底封闭。遗迹内，古老的壁画描绘着创世神阿尔宙斯与混沌生物的战争，而墙壁缝隙中渗出的孢子，似乎正在解读这些壁画的秘密。林渊握紧星盘残片，他知道，一场关乎宝可梦世界存亡的谜题，即将在这尘封的遗迹中揭晓。