解决彩虹市的危机后，林渊和小智等人继续踏上旅程。在大木博士的建议下，他们决定前往位于关都地区边缘的宝可梦乐园，据说那里是宝可梦的天堂，有着各种各样珍稀的宝可梦。
宝可梦乐园的入口处，巨大的拱门雕刻着各种宝可梦的图案，阳光透过树叶的缝隙洒在地面上，形成斑驳的光影。刚进入乐园，一阵欢快的宝可梦叫声就传入耳中。林渊看到不远处的草地上，一群伊布正在嬉戏玩耍，它们的毛发在阳光下闪烁着不同的光泽。
“哇，好多伊布！”小智兴奋地跑了过去，皮卡丘也跟在后面。然而，当他们靠近时，伊布们却突然变得警惕起来，纷纷躲到了树后。林渊注意到，这些伊布的眼神中似乎带着一丝恐惧，并不像普通野生宝可梦那样好奇。
“奇怪，它们好像很害怕。”林渊皱起眉头，指挥灯笼鱼使用闪光技能，照亮周围的环境。光芒中，他看到草丛里有一些暗金色的丝线，虽然很细微，但还是逃不过他的眼睛。“大家小心，这里可能也有孢子的踪迹。”
就在这时，一个穿着白色大褂的研究员从树林中走了出来。“你们好，我是这里的研究员，我叫瑟蕾娜。”她微笑着说，但林渊敏锐地察觉到，她的笑容有些僵硬，眼神中闪过一丝不易察觉的紧张。
瑟蕾娜解释说，最近乐园里的宝可梦确实有些异常，经常会突然变得暴躁。她希望林渊和小智等人能帮忙调查一下原因。林渊答应了下来，开始和众人一起在乐园中展开调查。
他们在乐园深处的一个湖边，发现了一只受伤的水伊布。水伊布的身体上缠绕着暗金色的丝线，正在痛苦地挣扎。林渊立刻指挥妙蛙种子使用藤鞭，小心翼翼地解开丝。灯笼鱼则使用水枪，清洗水伊布身上的伤口。
在治疗水伊布的过程中，林渊发现它的记忆中似乎有一些关于孢子来源的线索。他让小茂的尼多力诺使用超能力技能，试图读取水伊布的记忆。在一阵精神波动后，他们看到了令人震惊的画面：一个神秘人在深夜潜入乐园，将暗金色的孢子注入宝可梦的栖息地。而那个神秘人，穿着和熵相似的黑袍。
“果然是他们！”小智愤怒地握紧拳头，“我们一定要把这些家伙揪出来！”林渊点点头，继续带领众人沿着孢子的踪迹寻找。他们来到了乐园的实验室，发现实验室的大门紧闭，门口还有几只被控制的宝可梦把守。
这些宝可梦分别是电击兽、臭臭花和大岩蛇，它们的眼神呆滞，身上布满暗金色的纹路。战斗一触即发。皮卡丘率先使用十万伏特，电击兽则用雷电拳进行反击。喷火龙喷出火焰，试图攻击臭臭花，但臭臭花释放出的毒粉却让火焰瞬间熄灭。大岩蛇则使用地震技能，让地面剧烈震动，给众人造成了很大的麻烦。
林渊冷静地分析着战局，他发现电击兽在使用技能后，身上的暗金色纹路会变得更加明显，似乎是在吸收电能。“小智，让皮卡丘使用连续的小电流攻击，干扰电击兽的能量吸收！小茂，你的风速狗用火焰漩涡困住臭臭花！我来对付大岩蛇！”
喷火龙在林渊的指挥下，使用龙息攻击大岩蛇的头部。大岩蛇吃痛，挥舞着巨大的尾巴进行反击。林渊让妙蛙种子使用寄生种子，减缓大岩蛇的行动。经过一番激烈的战斗，众人终于打败了这些被控制的宝可梦。
打开实验室的大门，里面的景象让他们大吃一惊。实验室里摆放着许多培养皿，里面装着暗金色的孢子，还有一些被用来做实验的宝可梦。瑟蕾娜站在实验室中央，手中拿着一个黑色立方体，正在进行某种实验。
“原来你也是他们的人！”小智愤怒地喊道。瑟蕾娜的脸上露出一丝苦笑：“对不起，我也是被逼的。他们说如果我不配合，就会伤害这里所有的宝可梦。”说着，她将黑色立方体扔向林渊，“这个东西或许能帮助你们阻止他们。”
就在这时，实验室的警报突然响起，大批被孢子控制的宝可梦正在向这里涌来。林渊握紧黑色立方体，看着眼前的危机，一场更加艰难的战斗即将开始……