彩虹市标志性的巨大百货大楼在阳光下熠熠生辉，街道两旁飘来香水与糖果的混合香气。但林渊却无心欣赏美景，星盘残片在他怀中持续发烫，指引着某个方向——彩虹道馆的方向。
“林渊，我们快去挑战道馆吧！”小智拽着他往前跑。推开道馆大门，甜腻的花香扑面而来，可林渊的灯笼鱼突然不安地扭动身体，它鳞片下的幽蓝光芒开始急促闪烁。
“欢迎来到彩虹道馆~”馆主莉佳的声音从花丛中传来，“不过想拿到徽章，得先通过我的花之迷宫哦。”随着她的话音落下，西周的藤蔓迅速生长，将众人困在由毒蔷薇、大食花组成的迷宫中。
林渊刚想指挥宝可梦开辟道路，却发现火恐龙喷出的火焰被藤蔓吸收后，反而让它们长得更加茂盛。更糟的是，空气中弥漫的香气开始让人头晕目眩。“这些花有问题！”林渊捂住口鼻，“它们在释放神经毒素！妙蛙种子，用毒粉中和！”
然而，当妙蛙种子释放毒粉的瞬间，周围的花朵突然集体暴动。大食花张开布满尖牙的巨口咬来，毒蔷薇的尖刺喷射出暗金色毒液——这些宝可梦显然也被神秘力量改造过。皮卡丘的十万伏特、风速狗的火焰牙都无法阻止花朵的攻势，众人逐渐被逼入死角。
“这样下去不行！”小茂突然喊道，“这些植物怕强烈的声波！”他指挥自己的尼多力诺使用超音波，剧烈的音波震得花朵纷纷颤抖。林渊受到启发，立刻让灯笼鱼和皮卡丘配合：“灯笼鱼用水枪制造水雾，皮卡丘用电击产生超声波！”
水雾与电流碰撞产生的超声波在迷宫中回荡，发狂的花朵终于停止攻击。众人继续前进，却在道馆深处看到惊人的一幕：莉佳被暗金色藤蔓捆绑在花台上，她的瞳孔中闪烁着数据流，而祭坛上的黑色立方体正在吸收花朵的生命力。
“她被控制了！”林渊冲上前去。就在这时，火箭队的武藏和小次郎再次出现，这次他们操控着巨大的霸王花机甲，机甲的花瓣正在喷射腐蚀性的暗金色毒雾。战斗中，林渊发现霸王花机甲的弱点在花蕊处的能源核心，那里跳动着与孢子同源的能量。
“火恐龙，使用龙之怒！集中攻击花蕊！”林渊喊道。火恐龙在激烈的战斗中进化成喷火龙，它的龙之怒精准命中核心，霸王花机甲在爆炸中解体。随着黑色立方体被摧毁，莉佳恢复了意识，她将彩虹徽章递给林渊：“谢谢你，训练家。这股黑暗力量……恐怕不会轻易罢休。”
果不其然，当众人离开道馆时，城市上空突然飘来大片暗金色毒雾。林渊的星盘残片指引他们来到游乐场，在摩天轮顶端，一个熟悉的黑袍身影正在操控着巨大的臭臭泥——那是熵，他手中握着完整的黑色立方体，正在将孢子注入城市的水源系统。
“观测者，准备好迎接真正的绝望了吗？”熵的声音带着扭曲的笑意。而此时，林渊的喷火龙与小智的皮卡丘己经蓄势待发，一场关乎彩虹市存亡的决战，正式拉开帷幕。