离开华蓝市后，林渊与小智沿着公路向枯叶市行进。远处，宝可梦灯塔的轮廓在暮色中若隐若现，可本该明亮的信号灯却闪烁着诡异的紫光。林渊怀中的星盘残片突然发烫，在他掌心投射出细密的暗金色纹路，与灯塔方向形成共鸣。
“林渊，你的手怎么了？”小智指着他发光的手掌惊呼。还未等回答，一阵尖锐的宝可梦惨叫划破夜空。三只眼神呆滞的电击兽撞开路边的护栏，脖颈处缠绕的暗金色丝线正随着它们的行动发出电流滋滋声。皮卡丘立刻竖起耳朵，全身毛发炸起准备迎战。
“它们被某种能量控制了！”林渊拽着小智躲到岩石后。记忆中关于电磁系宝可梦的知识如潮水般涌来，他迅速观察到电击兽攻击时丝线会吸收电能强化。“小智，让皮卡丘用分散电击攻击丝线，我来制作干扰装置！”他一边说，一边从背包掏出导线和电池——这些在常磐森林冒险时收集的零件，此刻竟派上了用场。
激烈的电光火石间，皮卡丘的电击精准击中丝线，暗金色物质在电流中扭曲变形。林渊将自制的电磁干扰器掷向电击兽，装置爆发出的脉冲波让三只宝可梦同时僵首。就在危机看似解除时，灯塔方向传来震耳欲聋的轰鸣声，整片天空被染成不祥的暗金色。
“不好，得去灯塔看看！”两人带着宝可梦冲向港口。沿途不断有被控制的顽皮雷弹和霹雳电球滚落，它们组成的“电球阵”挡住去路。火恐龙喷出的火焰与妙蛙种子的毒粉在电流中炸开绚丽火花，却无法阻止宝可梦们的疯狂进攻。关键时刻，林渊发现这些失控的宝可梦对高频声波异常敏感，立刻指挥妙蛙种子使用超音波，混乱的局面才暂时得以控制。
抵达灯塔时，顶层的发射天线正向外喷射暗金色能量流。林渊注意到操作台前蜷缩着一只灯笼鱼，它鳞片下的幽蓝光芒与周围的暗金色形成鲜明对比。“这些孢子在利用电波扩散！”他突然想起在常磐森林尼多王身上的类似能量，“灯笼鱼或许是关键！”
就在林渊试图接近灯笼鱼时，火箭队的经典口号突然响起。武藏与小次郎操控着改装的雷电兽机甲破墙而入，机甲头部的发射器正源源不断生成暗金色孢子。“小鬼们，把星盘和灯笼鱼交出来！”小次郎狞笑着按下按钮，数十只被控制的电击魔兽从舱门涌出。
战斗进入白热化阶段。皮卡丘的十万伏特被机甲镜面装甲反弹，火恐龙的喷射火焰在孢子雾中失去准头。林渊发现孢子会吸收火系能量，立刻改变战术：“妙蛙种子，用寄生种子缠住机甲关节！灯笼鱼，释放闪光干扰它们的视线！”
混乱中，灯塔的发射装置达到过载临界点。林渊将星盘残片按在灯笼鱼身上，两种能量碰撞产生的冲击波撕碎了孢子云。当阳光重新洒在港口时，恢复意识的灯笼鱼主动跳进林渊抛出的精灵球。而火箭队的机甲在爆炸中坠海，只留下武藏气急败坏的喊声：“我不会放过你们的！”
然而危机并未真正解除。林渊在废墟中找到半张烧焦的图纸，上面画着与零号档案馆相同的黑色立方体，还有一行用血写成的警告：“观测者，小心镜子里的真相……”此时，远处传来精灵中心的紧急广播——圣安奴号邮轮遭到不明力量袭击，所有训练家被要求立刻撤离。
小智握紧拳头：“林渊，我们去看看！说不定和这些奇怪的孢子有关！”林渊望着手中发光的星盘残片，点头同意。他知道，这场跨越维度的阴谋，正在宝可梦世界掀起更大的波澜。